简历
秦谦的学术简历。
联系方式
| 姓名 | 秦谦 |
| 职务 | 课题组负责人 / 武汉大学人工智能学院教授 |
| 邮箱 | qinqian [at] whu [dot] edu [dot] cn |
个人简介
秦谦是一名计算生物学研究者，致力于发展 AI 与多组学方法，重点关注空间转录组学分析和 long-read RNA-seq/DNA-seq 结构变异分析。当前研究包括癌症基因组学、可扩展细胞分割流程、免疫相关疾病研究，以及用于解析复杂转录组和基因组变异的长读长测序方法。
工作经历
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2024 - 2026 Boston, MA, USA
研究科学家；Staff Scientist / Collaborator
Brigham and Women's Hospital；Dana-Farber Cancer Institute，Harvard Medical School
在 Harvard Medical School 附属研究机构开展计算生物学研究，重点关注癌症基因组学、长读长测序、多组学分析、自身免疫疾病研究和空间转录组学方法。
- 开发 long-read RNA-seq/DNA-seq 分析、结构变异解释、空间转录组数据处理、组织结构分析、细胞状态图谱构建和细胞间相互作用分析的计算流程。
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2022 - 2024 Cambridge, MA, USA
基因组学团队负责人
Broad Institute of MIT and Harvard
在 Broad Institute 负责 DepMap 多组学数据分析流程开发。
- 开发并维护 WGS、ATAC-seq、single-cell ATAC-seq、RNA-seq 以及 long-read RNA-seq/DNA-seq 的可扩展分析流程。
- 构建结构变异分析流程，并推动其在大规模 DepMap 多组学数据中的整合。
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2019 - 2022 Boston, MA, USA
博士后研究员
Massachusetts General Hospital，Harvard Medical School
从事横纹肌肉瘤单细胞基因组学、谱系追踪、癌症表观基因组学和细胞状态动态概率建模研究。
- 分析横纹肌肉瘤 single-cell RNA-seq 和 single-cell ATAC-seq 数据。
- 分析横纹肌肉瘤单细胞谱系追踪数据和 CRISPR clonality recorder 数据，包括基于 GESTALT 的谱系记录系统。
- 开展横纹肌肉瘤调控基因组学研究中的 ChIP-seq 数据分析。
- 使用 Pyro 和 PyTorch 开发单细胞动态模型。
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2017 - 2019 上海，中国
助理研究员
复旦大学附属儿科医院，儿科研究所
开展儿童疾病临床基因组诊断研究。
- 推动自主开发的基因组分析工具首次进入真实世界临床应用。
教育经历
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2012 - 2017 上海，中国
技能
计算生物学 (专家): 生物医学 AI，生物信息学，癌症基因组学，细胞分割，临床基因组学，DNA-seq，表观基因组学，基因融合，长读长测序，机器学习，RNA-seq，单细胞多组学，空间转录组学，结构变异，Xenium
编程语言 (专家): Python，R，Rust
机器学习 (专家): PyTorch，Pyro